พระราชลัญจกรประจำพระองค์ ในพระบาทสมเด็จพระปรมินทรมหาภูมิพลอดุลยเดช สืบเนื่องมาจากพระองค์ได้พระราชทานชื่อ “สถาบันราชภัฏ” ให้เป็นชื่อของวิทยาลัยครูทั่วประเทศ (มหาวิทยาลัยราชภัฏ ในเวลาต่อมา) พร้อมทั้งพระราชทานพระราชลัญจกรประจำพระองค์เป็นสัญลักษณ์ประจำมหาวิทยาลัยราชภัฏ ดังนั้น โรงเรียนมัธยมสาธิตวัดพระศรีมหาธาตุ มหาวิทยาลัยราชภัฏพระนคร ซึ่งเป็นหน่วยงานหนึ่งของมหาวิทยาลัยราชภัฏพระนคร จึงได้ใช้ตราสัญลักษณ์นี้เป็นสัญลักษณ์ประจำโรงเรียนตั้งแต่นั้นมา ตราสัญลักษณ์เป็นรูปวงรีสองวงล้อมรอบพระที่นั่งอัฐทิศ ภายในตราประกอบด้วยวงจักร กลางวงจักรมีอักขระเป็นอุหรือเลข ๙ รอบวงจักรมีรัศมีเปล่งออกโดยรอบ เหนือจักรเป็นรูปเศวตฉัตร 7 ชั้นตั้งอยู่บนพระที่นั่งอัฐทิศอุทุมพรราชอาสน์ ภายในวงรีด้านบนมีท่อนบนจารึกเป็นตัวอักษรภาษาไทยว่า มหาวิทยาลัยราชภัฏพระนคร และท่อนล่างจารึกเป็นตัวอักษรภาษาอังกฤษว่า PHRANAKHON RAJABHAT UNIVERSITY โดยตัวอักษรไทยภายในสัญลักษณ์นั้นใช้อักษรโรมันแบบ Gothic หรือ ตัวอักษรอังกฤษแบบ Old English และอักษรขอม เป็นแนวทางในการพัฒนารูปแบบตัวอักษร ให้สามารถแทนค่าความรู้สึกในการสื่อสารร่วมสมัย และแสดงถึงความสูงส่งแห่งสถาบันพระมหากษัตริย์ไทย

พระพิฆเนศวร (ภาษาสันสกฤต คเณศ ) หรือ พระพิฆเนศ หรือพระวิฆเณศวร หรือพระพิฆเณศ หรือพระคเณศ หรือคณปติ เป็นเทพในศาสนาพราหมณ์ นับถือว่าเป็นเทพเจ้าแห่งความรู้ เป็นผู้มีปัญญาเป็นเลิศ ปราดเปรื่องในเรื่องศิลปวิทยาทุกแขนง เป็นหัวหน้านำคณะข้ามความขัดข้อง ลักษณะของพระพิฆเนศวร มีรูปกายเป็นมนุษย์ มีเศียรเป็นช้าง มีงาข้างเดียว มีสี่กร พระหัตถ์หน้าขวาถืองาช้าง พระหัตถ์หน้าซ้ายถือขันน้ำมนต์ เป็นกะโหลกศีรษะมนุษย์ พระหัตถ์หลังขวาถือตรี พระหัตถ์หลังซ้ายถือบาตร(บ่วง)พาหนะคือหนู ประทับอยู่ภายใต้วงกลมด้านในสีเหลือง วงกลมด้านนอกสีชมพูมีชื่อโรงเรียนมัธยมสาธิตวัดพระศรีมหาธาตุ มหาวิทยาลัยราชภัฏพระนคร โรงเรียนได้อัญเชิญตราพระพิฆเนศวร กลับมาเป็นตราประจำสถาบันอีกครั้ง ในปี พ.ศ. 2552 ภายหลังจากวิทยาลัยครูพระนคร ได้รับการสถาปนาขึ้นเป็น “สถาบันราชภัฏพระนคร” และมีการเปลี่ยนตราสัญลักษณ์เป็นพระราชลัญจกรประจำพระองค์ ในพระบาทสมเด็จพระปรมินทรมหาภูมิพลอดุลยเดช เมื่อปี พ.ศ. 2535